庆余年太平别院湖底的秘密是禁忌之门。根据叶轻眉在给范闲的信中提到,太平别院湖底存在着禁忌之门,这是一切秘密的最终所在。太平别院是叶轻眉长期居住的地方,也是庆帝、陈萍萍、范建等人年轻时的回忆之地。禁忌之门的秘密与范闲有关,与范闲来到这个世界有关。范闲是上辈子得了绝症,精神“穿越”到叶轻眉儿子身上的人,这被解释为上个文明的一种实验。然而,范闲是唯一成功的实验品,这违反了人类思想底线,因为一个精神能量夺舍了一个初生儿的灵魂,这本身就犯了禁忌。除了禁忌之门,太平别院湖底可能还隐藏着其他秘密,如通往神庙的传送门或兵器库。然而,具体的细节和内容并未在提供的搜索结果中提及。